VU> Версия базы в базе не указана? Проверить и -f добавить -- не барское VU> это дело, читайте мэйлинглисты.
В мейллисте в основном упор на другое, на необходимость сделать 'pkg check -Ba'. И там объясняется, почему не сделали это автоматом:
You might wonder why we do not just force the 1.3.7 upgrade to auto run 'pkg check -Ba'. The problem is that 1.3.0-1.3.6 self-upgrade is not properly running the new Pkg as it did in 1.2. Thus after 'pkg upgrade' self-upgrades to 1.3.7 it would still be running 1.3.6 until you reran 'pkg upgrade'. We may still add an automatic check, or periodic scrub script, in future versions.
А 'pkg update -f' я делаю всегда, когда есть сомнения в соответствии баз в /var/db/pkg/repo-*.sqlite и в репозитории. Это ведь, насколько я понимаю, разновидность локального кэширования баз, а кэш вещь такая, что бывает устаревает. Почему устаревание не всегда детектится, другой вопрос.