AK>>> в том что считает своим $HOME, подозреваю. VS>> Можно ли как-то предположить, что он считает своим $HOME, исходя из AK> нет, но варианты в общем-то понятны - хомяк юзера, от которого работает, AK> хомяк рута, хомяк юзера www
Плюс, возможно, вкомпилированные пути типа /etc/my.cnf, /usr/local/etc/my.cnf, /var/db/my.cnf - в зависимости от сборки.